神農來到南方，之所以選擇南方，是因為南方氣候溫暖，植物種類豐盛。能積累到更多的藥物知識。

  神農找到草藥，親自嚐試其是否有毒性，辨別寒、熱、溫、平的藥性，體察君、臣、佐、使的關係。神農的肚子是透明的，他可以透過肚子，觀看藥物進入人體後作用在哪個器官和部位。如果哪個器官或哪個部位變黑了，就說明該藥物對該器官或部位有毒性。這是風險極大的事業，神農常常中毒，帶來巨大的痛苦，甚至威脅生命。曾經一天就遇到七十種毒。好在神農也發現了許多解毒方法，每當發現一種解毒的方法，他就記錄下來。神農發現茶能夠解很多種毒，就隨身攜帶在身上。

  一次，神農到了一座村莊，村裏的許多年輕人都得了一種怪病，當地的巫師沒法治療，神農診斷了發現沒有專門救治的藥物。他聽說天上有許多奇花異草，便想到天上去取些神藥。神農順著建木到了天上，建木是一棵通天的大樹，是溝通天地之間的一條通道。天神得知神農的來意，取了幾株瑤草送給神農。然後，昊天上帝又送給神農一把赭鞭。隻要用赭鞭鞭打一下草藥，如果赭鞭變成黑色，這草藥就有毒；如果赭鞭沒變色，還是紅色的話，就說明該草藥無毒。如果赭鞭溫度上升，則說明該草藥性溫熱；如果赭鞭溫度下降，則說明該草藥性寒涼。這樣，辨識百草的工作效率就大大提高了。

  神農回到地上，首先用瑤草治好了病人，然後提著赭鞭又上路了。神農走遍了南方大大小小的山川，積累了大量的藥物知識和治病的經驗。當他發現一座鬱鬱蔥蔥的深山時，他不聽隨從的勸阻，興致勃勃地深入這座大山。神農仍然用赭鞭不斷地辨識草木，記錄藥物藥性。連山上的石頭也被他的執著工作感動，化成石雞和石狗，給神農開道，幫他工作。

  一天，神農發現這座大山最高的懸崖高處還長有草藥，決心上去探個究竟。當他攀登陡峭的崖壁時，赭鞭不幸掉落到懸崖深處。神農管不了那麽多，繼續向上攀登，終於到達山頂，見到了植株。“原來是傳說中的斷魂草！赭鞭不在，那就由我來親自嚐試。”神農吃下斷魂草，很快發現自己的腸子像是被緊緊縮緊，絞痛異常。神農忍不住這痛苦，不慎跌下山崖。最先發現情況的石雞連忙啼叫，神農的隨從聽到啼叫聲趕忙趕來，終於在山崖腳下發現了神農的屍體。

  當神農身亡的噩耗傳到中原大地時，從軒轅到普通平民，無不悲痛萬分。後人將神農辨識百草的工作總結成最早的藥物著作，即《神農本草經》，神農積累下來的藥物知識讓許多人從疾病的折磨中解救出來。而神農遇難的大山，被人們命名為神農架。

  神農有兩個女兒。大女兒瑤姬在還未出嫁時就死了，人們把她葬在巫山之陽。從此巫山一帶開滿了瑤花。瑤姬的靈魂每天早晨化為雲彩，傍晚化為雲雨。盤古七神之一的昆侖山的主人西王母可憐瑤姬，就讓她做巫山神女。

  神農的小女兒叫女娃，在去東海看日出的時候，被大浪吞沒溺亡了。死後的女娃化作精衛鳥。精衛鳥形狀像烏鴉，頭部有精美的花紋，嘴是白色的，足是紅色的，叫聲就像她的名字“精衛”，居住在發鳩山上，每天不停地到西山上銜些木條和石塊，飛去東海投入海中，以求填塞東海。