漢王領兵東進，平定三秦，蕭何以丞相的身分留守治理巴蜀，安撫民眾，發布政令，供給軍隊糧草。漢二年（前205），漢王與各路諸侯攻打楚軍，蕭何守衛關中，侍奉太子，治理櫟陽。製定法令、規章，建立宗廟、社稷、宮室、縣邑，蕭何總是稟報漢王，得到漢王同意，準許施行這些政事；如果來不及稟報漢王，有些事就酌情處理，等漢王回來再向他匯報。蕭何在關中管理戶籍人口，征集糧草運送給前方軍隊。漢王多次棄軍敗逃而去，蕭何常常征發關中士卒，補充軍隊的缺額。漢王因此專門委任蕭何處理關中政事。

  蕭丞相修築未央宮，建立東闕、北闕、前殿、武庫、太倉。高祖回來，看見宮闕極為壯麗，非常生氣，對蕭何說：“天下喧擾不安，苦戰數年，成敗尚未可知，現在為什麽要修建宮至豪華過度呢？”蕭何說：“正是因為天下沒有安定，所以才乘這個時機建成宮室。況且天子以四海為家，宮室不壯觀華麗，就不足以顯示天子的尊貴和威嚴，並且也是為了不讓後世的宮室有所超過。”於是高祖高興了。

  漢十二年（前195）的秋天，黥布反叛，高祖親自率軍征討他，多次派人來詢問蕭相國在做什麽。蕭相國因為皇上在軍中，就在後方安撫勉勵百姓，把自己的家財全都捐助軍隊，和討伐陳豨時一樣。有一個門客勸告蕭相國說：“您滅族的日子不遠了。您位居相國，功勞數第一，還能夠再加功嗎？您當初進入關中就深得民心，至今十多年了，民眾都親附您，您還是那麽勤勉地做事，與百姓關係和諧，受到愛戴。皇上之所以屢次詢問您的情況，是害怕您震撼關中。如今您何不多買田地，采取低價、賒借等手段來敗壞自己的聲譽？這樣，皇上的心才會安定。”於是蕭相國聽從了他的計謀，高祖才非常高興。

  高祖征罷黥布軍隊回來，民眾攔路上書，說相國低價強買百姓田地房屋數量極多。高祖回到京城，相國進見。高祖笑著說：“你這個相國竟是這樣‘利民’！”高祖把民眾的上書都交給相國，說：“你自己向百姓們謝罪吧。”相國趁這個機會為民眾請求說：“長安一帶土地狹窄，上林苑中有很多空地，已經廢棄荒蕪，希望讓百姓們進去耕種打糧，留下禾稈作為禽獸的飼料。”高祖大怒說：“相國你大量地接受了商人的財物，然後就為他們請求占用我的上林苑！”於是就把相國交給廷尉，用鐐銬拘禁了他。幾天以後，一個姓王的衛尉侍奉高祖時，上前問道：“相國犯了什麽彌天大罪，陛下把他拘禁得如此嚴酷？”高祖說：“我聽說李斯輔佐秦始皇時，有了成績歸於主上，出了差錯自己承擔。如今相國大量地收受奸商錢財而為他們請求占用我的苑林，以此向民眾討好，所以把他銬起來治罪。”王衛尉說：“在自己職責範圍內，如果有利於百姓而為他們請求，這確是宰相分內的事，陛下怎麽懷疑相國收受商人錢財呢！況且陛下抗拒楚軍數年，陳豨、黥布反叛時，陛下又親自帶兵前往平叛，當時相國留守關中，他隻動一動腳，那麽函穀關以西的地盤就不歸陛下所有了。相國不趁著這個時機為己謀利，現在卻貪圖商人的錢財嗎？再說秦始皇正因為聽不到自己的過錯而失去天下，李斯分擔過錯，又哪裏值得效法呢？陛下為什麽懷疑宰相到如此淺薄的地步！”高祖聽後不太高興。當天，高祖派人持節赦免釋放了相國。相國上了年紀，一向謙恭謹慎，入見高祖，赤腳步行謝罪。高祖說：“相國算了吧！相國為民眾請求苑林，我不答應，我不過是桀、紂那樣的君主，而你則是個賢相。我所以把你用鐐銬拘禁起來，是想讓百姓們知道我的過錯。”

  蕭何一向不跟曹參和睦，到蕭何病重時，孝惠皇帝親自去探視相國病情，趁便問道：“您如果故去了，誰可以接替您呢？”蕭何回答說：“了解臣下的莫過於君主了。”孝惠帝說：“曹參怎麽樣？”蕭何叩頭說：“陛下得到合適的人選了！我死也不遺憾了！”

  蕭何購置田地住宅必定處在貧苦偏僻的地方，建造家園不修築有矮牆的房舍。他說：“我的後代賢能，就學習我的儉樸；後代不賢能，可以不被有權勢的人家所奪取。”

  孝惠二年（前193），相國蕭何去世，諡號為文終侯。

  蕭何的後代因為犯罪而失去侯爵封號的有四世，每次斷絕了繼承人時，天子總是再尋求蕭何的後代，續封為酂侯，功臣中沒有誰能夠跟蕭何這種情況相比。

  太史公說：相國蕭何在秦朝時僅是個文職小官吏，平平常常，沒有什麽驚人的作為。等到漢室興盛，仰仗帝王的餘光，蕭何謹守自己的職責，根據民眾痛恨秦朝苛法這一情況，順應曆史潮流，給他們除舊更新。韓信、黥布等都已被誅滅，而蕭何的功勳更顯得燦爛。他的地位為群臣之冠，聲望延及後世，能夠跟閎夭、散宜生等人爭輝比美了。