孔融是孔子的第二十世孫。他的七世祖孔霸是漢元帝的老師，官至侍中。父親孔宙，曾任太山都尉。他少年時便有突出的才能，受到名士李膺的讚許。

  孔融十三歲時，孔宙去世，孔融悲痛過度，需要人扶才能站起來，州裏因而稱讚他的孝行。他天性好學，博覽群書。名士張儉為中常侍侯覽所記恨，密令要州郡捉拿張儉。張儉與孔融兄長孔褒是好友，於是逃到孔褒家中，孔褒卻不在。當時孔融年僅十六歲，張儉認為孔融年輕，並沒有告訴他自己的處境。孔融看見張儉窘迫的樣子，對張儉說：“哥哥雖然在外未歸，我難道不能為您的東道主嗎？”因此留張儉住在自己家。

  後來事情泄漏，自國相以下的人，都秘密的壓下此事，張儉得以逃脫，孔褒、孔融則被逮捕入獄。但不知他們二人是誰獲罪。孔融說：“收容匿藏張儉的是我，有罪歸我。”孔褒說：“張儉來找我，不是弟弟的罪過，罪在我，我心甘情願。”官吏問他們的母親，母親說：“年長的人承擔家事，罪責在我。”一門都爭著赴死，郡縣遲疑不能決斷，於是向朝廷請示。詔書最後定了孔褒的罪，孔融因此事而聞名。

  孔融與平原人陶丘洪、陳留人邊讓齊名，州郡以禮策命，他都不到。

  孔融後來受到司徒楊賜的征召，成為司徒掾屬。當時暗暗察訪官僚中的貪汙之人，準備予以貶謫罷免，孔融檢舉的多為宦官的親族。朝中尚書害怕得罪宦官，於是召孔融等司徒屬官詰問斥責，孔融陳述宦官子弟的罪惡，毫不隱諱。

  光和七年（184年），河南尹何進即將升任大將軍，楊賜派孔融拿著名片去祝賀何進，因門人未及時通報，孔融就把名片奪回，引罪自責而去。河南尹官屬認為丟了麵子，想要派劍客追殺孔融，有賓客對何進說：“孔文舉有盛名，將軍如果與他結怨，四方之士就會相隨而去了。不如以禮對待他，使天下人都知道將軍的胸懷廣大。”何進同意，於是征辟孔融為大將軍掾屬，又舉其為高第，遷任侍禦史。孔融又因為與上司禦史中丞趙舍不和，托病歸家。

  後來，孔融被征為司空掾屬，被授為北中軍候。在職三天，轉任虎賁中郎將。正逢權臣董卓總攬朝政，想要廢掉漢少帝劉辯，孔融與董卓爭辯，言辭激辯，常有匡正的言論。董卓懷恨在心，將孔融轉任議郎，隨後又暗示三府（太尉、司徒、司空）舉薦孔融到黃巾軍最為猖獗的北海國（治今山東昌樂西）為國相。

  孔融到北海後召集士民，聚兵講武，下發檄文，又親寫書劄，與各州郡通聲氣，共同謀劃。因討伐黃巾軍張饒戰敗，而轉保朱虛縣。慢慢集結官吏百姓被黃巾所蠱惑的男女四萬多人，再設置城邑，設立學校，表顯儒術，薦舉賢良鄭玄、彭璆、邴原等。對待國人，就算隻有一點微小的善行，也都以禮對待。國人沒有後代及四方遊士有去世的，都幫助安葬他們。因頗有政聲，被時人稱為“孔北海”。

  後來，孔融被黃巾軍將領管亥所圍，情勢緊急。於是派太史慈向平原國相劉備求救。劉備驚奇地說：“孔北海竟知道天下還有個劉備呢。”於是立即發兵解圍。

  當時，袁紹、曹操逐漸成為中原地區最強大的勢力，而孔融知道二人終究是要篡奪漢室的，所以不願意投靠他們。其幕僚左承祖勸孔融結納袁紹或者曹操，孔融怒而將其殺害。孔融自負於才氣秉性，立誌平定國家的危難，但因為才器粗略，思想空乏，所以沒有什麽收獲。

  孔融在任六年後，被劉備上表推薦兼領青州刺史。

  建安元年（196年），袁譚攻北海，雙方戰鬥自春至夏，戰士僅剩數百人，流矢像雨一樣射來，城內已經短兵相接。孔融仍然憑幾讀書，談笑自若。至夜晚城陷，他才逃奔山東（太行山以東），妻兒都被袁譚所擄。

  建安元年（196年），漢獻帝遷都許昌後，征召孔融為將作大匠，又升任少府。每逢朝會訪問召對之時，孔融常引證定議，公卿大夫都不過掛名而已。

  之前，太傅馬日磾奉命出使山東，到了淮南時，多次有求於袁術，袁術於是輕視侮辱他，奪走他的符節，又不準他離開，還要強迫他任軍師。馬日磾憂憤自己至極，於是嘔血而死。等到馬日磾遺體送回京師，朝廷想加以禮葬，孔融於是獨自陳說：“馬日磾憑上公的尊貴身份，持天子的髦節，奉命處理地方事務，安寧東夏，竟然取媚奸臣，被他所指使，所上章表署名補用，馬日磾都是第一個。依附下級，欺騙朝廷，奸詐事君。從前國佐敵晉軍，不為其折服，宜僚當著白晃晃的刀而麵不改色。朝廷大臣難道可以受威脅為借口嗎？而且袁術犯上叛逆，不是一朝一夕的事，馬日磾與其周旋已久。按《漢律》規定：與罪人往來三天以上，都應該知道他的情況。《春秋》說：魯叔孫得臣死了，為了不張揚襄仲的罪貶，不寫日子。鄭討伐幽公，砍薄子家的棺材，因為他殺君的緣故。陛下可憐舊臣，不忍追究定罪，已經很寬大了，不應該再加禮。”朝廷采納了他的意見。

  當時輿論大都想恢複肉刑，孔融建議說：“古時候的人渾厚樸實，善惡不別，官吏正直，刑法清明，政治沒有錯誤。百姓有罪，都是自己的責任。末世衰微，風氣教化壞亂，政治攪亂風俗，國家的法律害了人民。所以說君主沒有為君之道，百姓就渙散不服，而想用古時候的刑法殘廢他們的肢體，這不是除惡長善的辦法。紂砍斷早晨涉水者的小腿，天下的人都說紂暴虐無道。從前，周有一千八百個諸侯國，天下百姓，要養一千八百個君主，如果各砍掉一人的腳，下麵就有一千八百個紂呢。想風俗純美，是絕對做不到的。